Vesilentokoneella voi myös purjehtia! Tämä tarkoittaa liikehtimistä joko hyvin pienellä teholla tai useimmin moottori sammutettuna. Lentokone liikkuu tällöin tuulen ja/tai virran mukana. Lentokoneen siivekkeillä, laskulaipoilla sekä ovilla konetta voi myös hieman ohjata haluttuun suuntaan ja säätää nopeutta.
Kovemmalla tuulella purjehtiminen voi olla helpoin tapa liikkua vesilentokoneella. Tällöin tehdään tarpeen mukaan sarja liikehtimistoimia välillä moottori käynnissä rullaten ja välillä purjehtien. Kyseessä ei siis ole ongelmatilanne, mutta veneilijä voi tälläisen liikesarjan havaitessaan ymmärtää, että liikehtiminen on erityisen vaikeaa ja tilaa vaativaa.
